Je suppose que c'est un murier greffé sur tige. Dans ce cas, les branches grossissent et finissent par se toucher en formant un petit creux. C'est un phénomène très fréquent chez les "greffés sur tige" et c'est la technique de greffe qui provoque ça.
Il ne faut pas essayer de reboucher parce que ça n'empêchera pas l'humidité de s'infiltrer dans le creux mais ça empêchera le bois de sécher par temps sec et accélérera l'apparition des champignons.
J'ai regardé sur d'autres forums et, c'est un phénomène très fréquent chez le murier qui est sans danger pour l'arbre.
En clair, à ta place je ne ferais... Rien...